ปุ๋ยอินทรีย์ เป็นปุ๋ยที่ได้จากสารอินทรีย์ไม่ก็วัสดุอินทรีย์ที่ทำขึ้นโดยขั้นตอนหลากหลาย อาทิ การบด การสับ การร่อน การหมัก การสกัด หรือด้วยวิธีการอื่นๆ ซึ่งต้องผ่านขั้นตอนเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพด้วยย่อยสลายของจุลินทรีย์ก่อนที่จะนำไปใช้ต่อต้นไม้ถัดไป
ปุ๋ยอินทรีย์ มีความสำคัญต่อการเปลี่ยนแปลงดิน พร้อมด้วยให้แร่อาหารแก่ต้นไม้ เนื่องมาจากประกอบด้วยอินทรียวัตถุ พร้อมทั้งแร่ต่างๆที่จะทำให้ดินมีสภาพดีขึ้น พร้อมกับช่วยให้พืชพันธุ์เติบโตได้อย่างเหมาะสม ไม่ว่าจะเป็น ฟอสฟอรัส โพแทสเซียม พร้อมกับแร่ธาตุอาหารอื่นๆ คุณสมบัติที่ดีอย่างหนึ่งในปุ๋ยอินทรีย์ช่วยให้ความเป็นกรดเป็นด่างของที่ดินมีความเหมาะสมต่อการเจริญเติบโตของพืชพันธุ์เยอะขึ้น รวมทั้งช่วยในการดูดจับแร่ธาตุอาหารไว้ในดินได้เยอะขึ้น จึงทำให้ได้พืชผลที่ดีขึ้นในระยะยาว พร้อมกับเพิ่มพูนความสามารถในการย่อยสลายอินทรีย์วัตถุในดินให้ดีขึ้นจากจำนวนจุลินทรีย์ในดินที่มากขึ้น
ปุ๋ยอินทรีย์ ก็มีหลายอย่าง
- ปุ๋ยหมัก คือปุ๋ยที่ได้จากการหมักซากพืชพันธุ์ ซากสิงสาราสัตว์ รวมทั้งอุจจาระสิ่งมีชีวิต
- ปุ๋ยพืชสด คือปุ๋ยที่ได้จากต้นพืชในแปลงไร่นาที่ปลูกให้โตขึ้นจวบจนถึงระยะที่เหมาะสมในการไถกลบลงดินขณะที่พืชยังยืนต้นอยู่ เพื่อเพิ่มพูนอินทรียวัตถุหรือธาตุอาหารให้แก่ดินจาการเน่าเปื้อย และย่อยสลายหลังการไถกลบ และเป็นการเพิ่มปริมาณธาตุอาหาร และเชื้อจุลินทรีย์ให้แก่ดินโดยตรง
- ปุ๋ยคอก คือปุ๋ยที่ได้จากมูลของสัตว์ ไม่ว่าจะทั้งในรูปของเหลว และของแข็งที่สัตว์ถ่ายออกมารวมถึงน้ำล้างคอก เศษฟาง และวัสดุรองคอกที่รวมกันกับมูลสัตว์ ปุ๋ยชนิดนี้ ไม่จำเป็นต้องเตรียมให้มีขนาดเล็ก เนื่องมาจากถูกย่อยจากตัวสัตว์มาแล้ว ถือเป็นปุ๋ยฮิวมัสที่ประกอบด้วยอินทรีย์สาร พร้อมทั้งจุลินทรีย์ที่มีคุณประโยชน์ปริมาณมาก ทั้งนี้จะมีมากหรือน้อยจะขึ้นอยู่กับชนิดของสัตว์ และอาหารที่สัตว์กิน ปุ๋ยคอกที่นิยมนำมาใช้มากในยุคปัจจุบัน